与四川战事同时，北军马继增部在湖南西进湘西，企图先入黔后图滇，与护国第1军右路军东路司令王文华部在湘黔边境一带接战。护国军颇有斩获，2月6日占洪江，14日占芷江，17日占麻阳，29日马继增因担心无法以此向袁世凯交差而自杀。此后，周文炳督率北军反攻，于3月6日重占麻阳，随后复占洪江与芷江，王文华部则以分散的游击战法与北军相持。
护国第2军由李烈钧率领，辖张开儒的第一梯团和方声涛的第二梯团，本计划东出广西，再进广东。但广东巡按使兼陆军第1师师长龙觐光先行一步，早已在袁世凯的命令下督率部队入桂，分路大举进攻云南，与第2军迎头相遇。3月初，两军在滇东接战，第2军屡获胜利，克服滇东失守各地，继在黔军、桂军的配合下，于3月中旬包围龙觐光在桂西北的司令部所在地——百色，迫使龙于17日通电宣布辞去袁世凯所委云南查办使职。
