很快，明世宗又发现徐阶的青词水平也很高，甚至在严嵩（实为严世蕃）之上，非常喜欢，令其入直西苑。后来方皇后病逝，明世宗准备将其灵位奉入宗庙，这其实是不合礼制的，因为皇后应该等皇帝死了，在宗庙中有了位置才能去从祀，怎能先入祀？徐阶作为礼部尚书，与礼科都给事中杨思忠一同上疏指出不对。明世宗故意大怒，徐阶并没有像“大礼议”之初那样据理力争，而是惶恐谢罪，立即转变了立场。明世宗正是通过这样的测试，确定徐阶是“可用”之人。不过徐阶和严嵩的关系依然微妙，徐阶能重回中枢很大程度上是靠了夏言的举荐，他很清楚严嵩始终忌讳这一点。于是徐阶更加谨慎地侍奉严嵩，对严世蕃也是忍气吞声，甚至把孙女嫁给严嵩的孙子，不断消除严氏对自己的猜忌。
嘉靖三十一年（1552年），徐阶进少保兼太子太保、文渊阁大学士，排位在严嵩之后、东阁大学士吕卒之前，仍兼礼部事。徐阶入阁后第一件大事就是秘密揭发咸宁侯仇鸾，使其获罪。严嵩一直以为徐阶和仇鸾关系很好，想借仇鸾拉徐阶下马，结果到后来才知仇鸾就是徐阶揭发的，不由得愕然。可见，徐阶深藏不露，权谋手腕己然在严嵩这只老狐狸之上。徐阶长得矮胖白皙，天生笑脸，看着很讨喜，人们笑称他为“甘草阁老”，形容他像甘草这味中药一样，入口甘甜，但药性太慢，是个八面玲珑的老好人。严氏集团也逐渐放松了对他的警惕，甚至把他当成了自己人，徐阶却一直在耐心地等待机会。严党连续制造杨继盛、沈炼这样的大案，触怒天下，徐阶认为扳倒严嵩的时机到了。