ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E
U ）の戦争は大きな転機を迎えようとしていた－－ E U を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」 それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる 戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する 必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける 戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される E U 政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する 「レイラは死んだ」 シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る
