午后，德军第二波运兵飞机接踵飞至。因为机场上飞机连续起降，造成漫天尘土，德军飞机不能正常连续起飞，无法编队，只好东一架西一架飞抵克里特岛，这给英国狙击手提供了更多机会。德军第二波空投伞兵遭到更惨重的损失。
5月21日，已在克里特岛着陆的德国伞兵设法集中起来，强攻克里特中部的107高地，与英军恶战，一举夺占了岛上的马利姆机场，终于扭转战局。德国运输机随即一架接一架在机场着陆，运来援兵和重武器。德国伞兵部队得到大批重武器增援后，攻坚能力倍增，不断夺取英军据守的要点、高地，稳步向内陆推进。而在海上，德军运输船队也在空军掩护下，突破英国舰队拦截，靠上克里特海岸。英军司令官弗赖伯格将军面临德军海空夹击，断定克里特岛迟早必为德军攻占，再战无益，只得下令撤退。5月28日，英军开始从海路撤往埃及。但刚撤退半数部队，德军伞兵已冲垮英军后卫部队，封闭了克里特岛的出海通道。余下英军弹尽援绝，只得缴械投降。为了争夺克里特岛，英军损失了2万官兵、几十艘战舰。德国空降部队第一次按师级规模部署作战，显示了空降兵跨海进攻的优越性。
